Hola!
La CBF500 salvo que esté equivocado no está limitada para cumplir con la normativa de potencia del A2, y si lo está, debes verificar con ficha técnica si la limitación es a 35kW o 25kW (limitación "antigua"). La MT03 tengo entendido que sí está algo "capada" pero tampoco está limitada como tal, es decir, no hay un accesorio para reducir su potencia original.
Dicho esto (y corregidme si me equivoco), si puedes verte alguna comparativa para predecir un poco el funcionamiento del motor y cual podría adaptarse mejor a tu uso, sería una información relevante para decidir. Si además puedes probarlas, mejor que mejor. La diferencia de kilómetros no me parece muy relevante, y sería interesante ver el estado de ambas, mantenimientos que ha llevado y estado actual (pagar la moto pero luego ponerla a punto puede salir por un pico fácil 300-400€ más). Y saber más o menos su precio de venta nuevas de entonces, para saber como han "envejecido" esos precios (justo estamos hablando en otro post del valor venal).
En el caso de que prestes atención al kilometraje, podría ser que la que tiene más kilómetros esté en mejor estado porque la otra solo la han usado dos meses de verano cada año desde que la tienen, por lo que habrá tenido más "hibernaciones". Yo personalmente buscaba motos que estuviesen en uso, y por eso también esperé a comprar la siguiente solo cuando ya tenía la primera moto vendida.
Un saludo!