Buenas
Creo que te refieres a los "ojo de ángel", los que llevan un aro iluminado alrededor del faro principal. Todas las motos que conozco son de corriente directa (= corriente continua).
El tema es que la electrónica del faro te aguante la sobretensión que normalmente da el rectificador respecto a la tensión nominal. Es decir, hablamos de una moto que va a 12V, pero en realidad la batería te está entregando unos 12,5V, y cuando está circulando llega a 13 o 13,5V, así se carga la batería. Si el faro es de pésima calidad, puede que se funda al tener un pico alto de tensión. Además, si la moto trae de serie baterías de tecnología moderna (litio y tal), suelen cargarse a un voltaje incluso algo mayor, y en este caso igual si que podrían petar otros sistemas si no son los originales que venían en la moto.
Otra cosa totalmente distinta es cuando el vehículo controla las luce por CAN-bus, que es un rollo de electrónica fina (la centralita sabe si la luz está funcionando bien, o si se ha fundido). En este caso, puede dar problemas de parpadeo y demas si se conectan lámparas de modificación tal cual a la moto. Aún que también es sencillo encontrar adaptadores que se conectan entre la bombilla y el cableado del vehículo, que "engaña" a la centralita y alimenta la bombilla con sus 12V aproximadamente.
Todo es fijarse bien en las especificaciones, y a malas probar y ejercer tu derecho de desistimiento si no te vale el faro nuevo.
Por supuesto, circular con faros no homologados para esta moto es buscarse problemas.
